Awalnya, pada September 2005, Siti beberapa kali bertemu dengan Direktur Utama PT Indofarma Global Medika dan Nuki Syahrun selaku Ketua Sutrisno Bachir Foundation (SBF). Nuki merupakan adik ipar dari mantan Ketua Umum Partai Amanat Nasional, Sutrisno Bachir.
Menurut jaksa, berdasarkan fakta persidangan, penunjukan langsung yang dilakukan Siti terhadap PT Indofarma merupakan bentuk bantuan Siti terhadap Partai Amanat Nasional (PAN).
Pengangkatan Siti sebagai Menteri Kesehatan merupakan hasil rekomendasi Muhammadiyah.
“Terdakwa sendiri menjadi menteri karena diusung oleh Ormas Muhammadiyah yang kadernya banyak menjadi pengurus PAN pada saat itu,” kata jaksa di Pengadilan Tipikor Jakarta, Rabu (31/5/2017).
Berdasarkan surat tuntutan jaksa, Nuki Syahrun memerintahkan Sekretaris pada Yayasan SBF, Yurida Adlaini, untuk memindahbukukan sebagian dana keuntungan PT Indofarma kepada pihak-pihak yang memiliki hubungan kedekatan dengan Siti Fadilah. Salah satunya adalah Amien Rais.
Menurut jaksa KPK, rekening Amien Rais enam kali menerima transfer uang. Setiap kali transfer, Amien menerima Rp 100 juta.